Ontologie [42], [37] je explicitně specifikovaná konceptualizace. Ontologie popisuje určitou oblast zájmu (doménu) formálním způsobem – definuje třídy objektů, které se v dané oblasti nacházejí, a vztahy, které mezi nimi mohou existovat. Význam ontologie spočívá především v usnadnění komunikace mezi lidmi, zlepšení spolupráce softwarových systémů a ve zdokonalení systémového inženýrství. Ontologie do všech těchto oblastí přinášejí možnost sjednocení pohledu, udržení konzistence a jednoznačnosti.

Z dlouhodobého hlediska se v systému RAINBOW počítá s vytvořením ontologie, která by pokrývala doménu našeho problému – především by umožnila klasifikaci objektů, se kterými pracujeme, jako jsou HTML stránka, HTML element, text, věta, URL adresa apod. Při větším počtu modulů, které by si vyměňovaly složitější informace, je ontologie velmi důležitá, protože usnadní a zjednoznační popis dat vyměňovaných mezi moduly.

Kdyby se systém rozrostl do větších rozměrů a skládal by se z velkého množství nezávislých modulů, které by mohly být do systému přidávány i dynamicky, bylo by použití ontologie (nebo jiného obdobného nástroje) v podstatě nevyhnutelné. V dynamicky se měnícím systému je nutné jednotlivé zprávy posílané mezi moduly a jejich obsah přesně sémanticky označit. Jen tak může být zaručeno, že bude komunikace probíhat mezi správnými moduly, a že data nebudou chybně interpretována.

V současné době je množství modulů v systému RAINBOW minimální a navíc jsou moduly velmi jednoduché. Celý systém je statický a neměnný. Použití formální ontologie by v tuto chvíli nepřineslo žádný podstatný užitek. Samozřejmě, že i tak jsou moduly vyvíjeny na základě neformální ontologie, kterou autoři všech modulů nosí ve své hlavě. V určité fázi projektu RAINBOW se počítá s přidáním sémantických rolí odkazujících na ontologii do všech zpráv.